Il Rettorato e gli Uffici Amministrativi dell'Università degli Studi della Tuscia di Viterbo sono ubicati nel complesso di S. Maria in Gradi.

Il complesso di S.Maria in Gradi fu eretto nel 1244 per volere del monaco viterbese Raniero Capocci che, diventato cardinale la donò ai Domenicani.

S.Maria in Gradi ha importanti monumenti al suo interno, come il chiostro rinascimentale sorretto da ben 160 colonne, l'altro chiostro medioevale realizzato verso la fine del 1400, su ordine del frate Domenico Valentini, con al centro una fontana, l'elegante portico davanti alla facciata della chiesa, nella quale fu incoronato Papa Urbano IV e dove venne sepolto Papa Clemente IV.

Nel 1500 la chiesa fu distrutta ma venne ricostruita nel 1700 dai Domenicani, che affidarono il lavoro a Nicolò Salvi, autore della Fontana di Trevi di Roma.

Negli anni il complesso di S.Maria in Gradi fu adibito a carcere fino al 1993 quando fu abbandonato ed i detenuti trasferiti in una nuova costruzione.

Nel 1996 il complesso venne ceduto gratuitamente dal Ministero all'Università della Tuscia che cominciò un robusto quanto prezioso restauro di tutte le parti anche di quelle sotterranee.

La scelta di Viterbo quale sede dell' Università non cade a caso, ma si ricollega strettamente alla storia e alle tradizioni culturali della città. Sembra infatti che già verso la metà del XIII secolo esistessero a Viterbo studi itineranti, presso i quali si insegnavano le discipline del trivio e del quadrivio.

Nell'anno 1546 fu fondato uno "Studium" per volontà di Papa Paolo III Farnese. Questo Studio, che istituiva le cattedre di logica, filosofia, giurisprudenza e medicina, ebbe come sede il Palazzo dei Priori e funzionò, sia pure con qualche breve interruzione, fino al 1581. Più tardi, ai primi dell'Ottocento, fu istituita a Viterbo una scuola medico-chirurgica a livello universitario, che comprendeva anche una cattedra di fisica e chimica. La clinica universitaria, che ebbe sede presso l'Ospedale Grande degli Infermi, funzionò fino al 1853, quando, a seguito della bolla "Quod divina sapientia" di Leone XIII, che riordinava gli Studi dello Stato Pontificio, venne soppressa. In tempi più recenti, nel 1969, veniva istituita la Libera Università della Tuscia, con le Facoltà di Magistero, di Economia e Commercio e Scienze Politiche, soppressa nel 1979. I ripetuti tentativi della cittadinanza di fare di Viterbo la sede di un Ateneo sono stati coronati da successo con la creazione dell'Università Statale degli Studi della Tuscia, istituita con legge n. 122 del 3 aprile 1979.

Nell'anno accademico 1980/81 é stata attivata la Facoltà di Agraria e nel 1983, la Facoltà di Lingue e Letterature straniere moderne.

Nel 1987 é stata attivata la Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali con il corso di laurea in Scienze Biologiche, nel 1990 la Facoltà di Conservazione dei Beni Culturali con l'omonimo corso di laurea e nell'anno accademico 1991/92, la Facoltà di Economia con il corso di laurea in Economia e Commercio.

Nell'anno accademico 2002/2003 è stata attivata la Facoltà di Scienze Politiche.

Le Facoltà di Agraria, Scienze Matematiche Fisiche e Naturali e Conservazione dei Beni Culturali hanno la propria sede in località Riello. La Facoltà Lingue e Letterature Straniere Moderne si è recentemente trasferita presso il complesso di S.Maria in Gradi. La Facoltà di Economia ha sede in Via del Paradiso (ex Convento Santa Maria del Paradiso).

In attuazione della Legge Gelmini (L.240/2010), dal 18 giugno 2011 le funzioni relative alla progettazione dell'offerta formativa nonché all'organizzazione e gestione della didattica sono state trasferite dalle Facoltà ai Dipartimenti.
Le Facoltà mantengono fino al 31 ottobre 2011 le sole competenze necessarie ad assicurare la regolare conclusione dei corsi di insegnamento dell’anno accademico 2010-2011, lo svolgimento degli esami di profitto e di quelli di laurea fino alla sessione autunnale dello stesso anno accademico.